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小鼠模型：小鼠模型常用于研究手足口病病毒（如腸道病毒71型，EV71）的致病機制和疫苗效果。通過鼻內或皮下接種病毒，可以模擬人類感染后的癥狀，如發熱、皮疹等。
豚鼠模型：豚鼠對某些手足口病病毒也具有易感性，可用于研究病毒的傳播和免疫反應。
體外細胞感染模型：在體外，手足口病病毒可以感染多種細胞類型，如人胚腎細胞（HEK293）、人橫紋肌肉瘤細胞（RD）等。這些細胞模型可用于研究病毒的復制、潛伏和再激活機制，以及評估抗病du藥物的效果。
SIR模型：研究人員開發了動態流行病學模型，如易感者-感染者-康復者（SIR）模型，用于模擬手足口病的傳播動態。通過擬合實際監測數據，可以準確估計基本再生數（R0），評估隔離、檢疫和疫苗接種等防控策略的效果。
改進的SIR模型：為了更準確地模擬手足口病的傳播過程，研究人員對傳統的SIR模型進行了改進，增加了無癥狀感染者的傳播、癥狀前感染者的傳播等細節。
年齡結構模型：考慮到手足口病在兒童中的高發病率，研究人員建立了年齡結構模型，分析不同年齡段的易感性和傳播風險，為制定針對性的防控措施提供依據。
季節性模型：手足口病的發病具有明顯的季節性，研究人員提出了具有周期性傳播率的動態模型，用于研究季節性對手足口病傳播的影響。
隔離策略模型：通過在模型中加入隔離因素，研究人員評估了隔離策略對控制手足口病傳播的效果，如延遲疫情高峰、減少病例數等。
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